グレイス家の3人の子ども、 マロリーとふたごの兄弟ジャレッド、 サイモンは、母親と共にニューヨークから 古びたスパイダーウィック屋敷に引っこしてきた。 スパイダーウィック屋敷は、ルシンダ大おばさんの家で、 今はだれも住んでいない。 ビクトリア朝の古くさい家に子どもたちはふまん。
ある日、ジャレッドはひょんなことから 屋敷の中にかくし部屋があったことを知る。 そしてそこで、1冊の謎の本を見つけた。 そこには、エルフ、ブラウニー、ゴブリン、 トロルなど、いい者も邪悪な者もあわせて、 妖精たちの秘密がすべて書かれていた。 その本を手にしたジャレッドたちの前に突然あらわれた シンブルタックと名乗るブラウニーは「その本は人間には あつかえない危険な本だから捨てるように」と警告するが……。
その日から、この書をめぐり、 3人の子どもたち、 妖精たちをまきこんだ、 うばいあいがはじまったのだった…!